Отдел экономики, финансов и закупок, как самостоятельное структурное подразделение, функционирует с 1999 года, со дня придания учебному заведению статуса высшего с названием «Бишкекский государственный институт экономики и коммерции» (БГИЭК).
Основной функцией и задачей отдела является организация финансово-хозяйственной деятельности университета и закупок товаров, работ и услуг для его нужд. Свою функцию отдел осуществляет посредством финансового планирования, заключающегося в разработке сметы доходов и расходов, систематическом анализе ее исполнения и повседневном финансовом контроле над использованием средств бюджета университета.
Основными элементами финансово-экономической работы, которую выполняет отдел, являются следующие:
-разработка прогнозов, проектов и планов развития университета;
-выработка предложений и рекомендаций по рациональному использованию материальных и финансовых ресурсов, анализ эффективности их использования;
-совершенствование и оптимизация структуры и штата университета;
-расчет фонда заработной платы и материального стимулирования, обеспечение контроля за их расходованием, внедрение прогрессивных форм и систем оплаты и стимулирования труда;
-разработка прейскуранта тарифов (цен) на образовательные услуги, оказываемые университетом и др.
Штатная численность отдела составляет 2 человека, возглавляет отдел со дня его создания Молдалиев Ы.М.