Первое научное подразделение экономико-географического профиля в Киргизии было создано в 1946 г. в составе Киргизского филиала АН СССР. На этой базе в 1947 г. был организован самостоятельный Отдел экономики. В 1956 г. через два года после создания Академии наук Киргизской ССР, образован первый в республике экономический научный Центр – Институт экономики республиканской Академии.
Более чем за полувековой срок неоднократно менялось его название:
- Институт рыночной экономики (1992 г.);
- Институт экономики и политологии (1994 г.);
- Центр экономических исследований НАН КР (1998 г.) которому Постановлением Правительства №181 от 03.04.2003 г. было присвоено имя академика Джумагула Алышбаева;
- Институт экономики имени академика Джумагула Алышбаева НАН КР (2008 г.);
- В 2023 году был реорганизован в Научно-исследовательский институт экономики при Научно-исследовательском университете «Кыргызский экономический университет им. М.Рыскулбекова».
Преобразование преследовало цель приблизить исследования Института к требованиям рынка, поскольку давно назревшие проблемы улучшения структуры экономики, усиления комплексности хозяйства, создания недостающих производств в республике теперь приходится решать в сложных условиях становления полноценной рыночной экономики.
В первые годы становления экономической науки в республике ученые акцентировали своё внимание на анализе и обобщении опыта пройденных этапов развития экономики. В результате, в конце 50-х и начале 60-х годов преобладали работы, в которых исследовалась история развития народного хозяйства. В 70-е годы, ученые-экономисты больше внимания уделяли анализу современного состояния и определению основных направлений развития экономики республики в перспективе.
Так, в 60-е годы Институт экономики Киргизской ССР разрабатывал перспективу развития производительных сил республики на 1966-1970 гг. и 1971-1975 гг., а в начале 70-х годов подобные исследования охватывали развитие народного хозяйства на 10-15 лет. В начале 80-х годов Институт экономики начал исследования по развитию научно-технического прогресса на предстоящее двадцатилетие. В 1983 г., получил положительную оценку АН и Госплана Киргизской Республики, Президиума АН СССР, Госкомитета по науке и технике, Госстроя и Госплана СССР.
В 80-е годы Институт успешно проводил исследования по ряду крупных и важнейших народнохозяйственных проблем, комплексных программ, таких, как: «Региональная программа научно-исследовательских работ по формированию Иссык-Кульско-Чуйского ТПК на 1986-1990 гг.», «Прогноз воспроизводства населения и использования трудовых ресурсов Киргизской ССР в условиях НТП». Кроме того, осуществлялись исследования по многим актуальным проблемам развития народного хозяйства республики, касающимся ускорения темпов развития общественного производства, улучшения использования трудовых ресурсов, совершенствования планирования экономического и социального развития отдельных регионов, повышения уровня и эффективности использования минерально-сырьевых, топливных ресурсов и другие.
Наиболее значительный вклад ученые Института экономики в 1986-1991 гг. внесли в разработку фундаментальных и прикладных проблем развития и размещения производительных сил, прогнозирования научно-технического и социально-экономического развития республики, формирования территориально-производственных комплексов, социально-экономических проблем народонаселения, использования природных и трудовых ресурсов, повышения эффективности общественного производства.
В 1988 г. разработан и осуществлен свод краткого варианта Комплексной программы НТП Киргизской ССР на 1991-2010 гг., который был обсужден и одобрен на заседании Президиума Совета Министров Киргизской ССР, представлен в Научный Совет социально-экономического научно-технического прогнозирования АН СССР и ГКНТ.
Ученые экономисты принимали участие в разработке «Схемы развития и размещения производительных сил Киргизской ССР на 15 лет». Они были использованы соответствующими органами при составлении народнохозяйственного плана на долгосрочную перспективу. Ведущая организационная и координирующая роль была сосредоточена в Институте экономики.
Обретение независимости Кыргызстаном, его становление на путь демократических и рыночных реформ ознаменовало собой новый этап в развитии академической науки Кыргызстана.
Институт экономики в 90-х годах принял участие в разработке правительственной программы стабилизации народного хозяйства республики и перехода к рыночной экономике. В ней нашли отражение вопросы, связанные с выработкой концептуальных основ рыночных отношений в условиях государственного суверенитета.
